細(xì)菌的構(gòu)造主要包括細(xì)胞壁(cell wall)、細(xì)胞膜(cell membrane)及細(xì)胞質(zhì)(cytoplasm)，此外，某些細(xì)菌尚具有莢膜(capsule)、鞭毛(flagella)及內(nèi)孢子(endospore)等構(gòu)造。但細(xì)菌并不具有細(xì)胞核、葉綠體、粒線體、高基氏體及內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。

 

細(xì)胞壁(cell wall)：能維持一定的形狀，經(jīng)冷凍而不破裂，其組成為勝聚醣(peptidoglycan)。勝聚醣是由勝類和醣類所組成，僅存于細(xì)菌、藍(lán)綠藻的細(xì)胞壁。

細(xì)胞膜(cell membrane)：與一般生物具有相同的構(gòu)造，由雙層磷脂質(zhì)與蛋白質(zhì)鑲嵌所組成，為一種選擇性膜。細(xì)菌因無粒線體，所以在細(xì)胞膜內(nèi)側(cè)有許多呼吸，是細(xì)菌進(jìn)行呼吸及產(chǎn)生能量（ATP形成）的主要場所。

 

細(xì)胞質(zhì)(cytoplasm)：是生理作用的場所，具有染色體、核糖體及酵素。因缺乏核膜，故染色體直接游離于細(xì)胞質(zhì)中，由DNA疊合（通常呈環(huán)狀）而成。

莢膜(capsule)：其產(chǎn)生與遺傳有關(guān)。位于細(xì)胞壁外圍，為一層黏性多醣構(gòu)造，例如：肺炎雙球菌，能分泌黏液或膠狀物，環(huán)繞菌體四周形成黏液層(slime layer)，凝縮后則可形成莢膜。莢膜的存在與致病力有關(guān)，例如：肺炎雙球菌有莢膜（平滑型，S型）能產(chǎn)生毒素致病，無莢膜的雙球菌（粗糙型，R型）則無致病力。

 

鞭毛(flagella)：一般桿菌與螺旋菌具有鞭毛，球菌則無。鞭毛起自細(xì)胞膜，經(jīng)細(xì)胞壁伸出體外，其數(shù)目及長短會因細(xì)菌種類不同而異。鞭毛由蛋白質(zhì)構(gòu)成，為細(xì)菌運(yùn)動構(gòu)造。

 

內(nèi)孢子(endospore)：當(dāng)細(xì)菌在環(huán)境不適宜時(shí)，細(xì)胞質(zhì)失水內(nèi)縮，細(xì)胞膜因此收縮而于舊細(xì)胞壁內(nèi)產(chǎn)生另一個新的厚壁保護(hù)，使細(xì)菌體內(nèi)形成一種休眠孢子，以度過惡劣環(huán)境。由于這種孢子是在細(xì)菌體內(nèi)形成，故稱為內(nèi)孢子。待環(huán)境適合時(shí)，內(nèi)孢子可再度吸收水分，萌發(fā)突破厚壁而長出一個細(xì)菌。內(nèi)孢子是一種因生理休眠，用以度過不良環(huán)境的細(xì)胞。內(nèi)孢子的形成并非一種生殖方式，因?yàn)橐粋€內(nèi)孢子萌發(fā)時(shí)只能形成一個細(xì)菌。